Проблема не в миграции. Машины с Win2k Pro созданы и крутятся на ESXi вполне нормально. Они однотипны, поэтому легко клонируются. Проблема с подключением к ним.
В Windows 2000 Professional нет RDP сервиса, на клиентских виндах он впервые появился только в XP, поэтому подключится к ним через него нельзя. Поэтому и пал взгляд на Vmware View. Ну и фичи тоже полезны возможно будут...