Предположение не являющееся руководством к действию:
VDP хранит информацию о бэкапах в своей базе и удаление плагина с сервера vCenter не должно повлиять на оставшиеся 2 VDP.
Поэтому можно попробовать выключить выводимый из работы сервер и удалить плагин из vCenter, как описано в статье выше или в пункте 4 статьи KB http://kb.vmware.com/selfservice/microsites/search.do?language=en_US&cmd=displayKC&externalId=2038356
Затем залогинится на 2 работающих VDP и заново их зарегистрировать в vCenter.
Ну и снапшот вцентра будет не лишним перед этим всем.